En la actualidad se tiende a recurrir a una serie de términos que hacen referencia al concepto "microbiota", siendo uno de los más certeros el que hace referencia de ser una comunidad de microorganismos vivos residentes en un nicho ecológico determinado. Es así que la microbiota residente en el intestino humano es una de las comunidades más densamente pobladas, incluso más que algunos componentes terrestres y ambientales como el océano. En la microbiota del intestino grueso de los mamíferos, la cifra de microorganismos se eleva.
La esencia microbiana del intestino (microbiota intestinal) incluye muchas especies nativas que colonizan permanentemente el tracto gastrointestinal y una serie variable de microorganismos que solo lo hacen de manera transitoria. El estudio de las bacterias intestinales ha presentado varios retos desde tiempos remotos, uno de los más importantes, es que no todos los microorganismo son fáciles de cultivar. Sin embargo, las técnicas y el avance científico han dado grandes avances en lo que respecta a la nutrigenética y nutrigenómica, como técnicas modernas de estudio del material genético, las cuales han revolucionado el uso, obtención y aplicación de bacterias benéficas al intestino.
